Zagadnieniem wymagającym omówienia, dotyczącym decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu jest możliwość stwierdzania wygaśnięcia tej decyzji. Ustawa o zagospodarowaniu przestrzennym w art. 48 określiła dwa przypadki, w których następuje takie wygaśnięcie.

Pierwszym przypadkiem jest sytuacja, gdy inny wnioskodawca uzyskał pozwolenie na budowę.

Skoro na dany teren można wydać nieograniczoną ilość decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania należy brać pod uwagę, że każdy wnioskodawca, który w dniu wydania tej decyzji nie dysponował terenem nią objętym, może znaleźć się w sytuacji omawianej, jeśli nie nabędzie tytułu prawnego do terenu. W takiej sytuacji nie spełni podstawowego warunku do uzyskania pozwolenia na budowę i w konsekwencji nie będzie mógł skorzystać z rozstrzygnięć decyzji o warunkach zabudowy. Pamiętać należy, iż decyzja o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu nie rodzi praw do terenu oraz nie narusza prawa własności i uprawnień osób trzecich. Wnioskodawcy, który nie uzyskał prawa do terenu, nie przysługuje roszczenie o zwrot nakładów poniesionych w związku z otrzymaną decyzją ustalającą warunki zabudowy i zagospodarowania terenu.

Drugim przypadkiem obligującym organ, który wydał decyzję do stwierdzenia jej wygaśnięcia, jest zaistnienie sprzeczności pomiędzy tą decyzją a ustaleniami nowego lub zmienionego miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego. Przepisu tego nie stosuje się tylko w przypadku, gdy na podstawie decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu zostało już wydane pozwolenie na budowę. W obydwu przypadkach stwierdzenie wygaśnięcia decyzji wymaga potwierdzenia w formie decyzji administracyjnej przez organ, który wydał decyzję o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu.